堆肥實際就是廢棄物穩(wěn)定化的一種形式，但它需要特殊的濕度、通氣條件和微生物以產(chǎn)生適宜的溫度。一般認(rèn)為這個溫度要高于45℃，保持這種高溫可以使病原菌失活，并殺死雜草種子。在合理堆肥后殘留的有機(jī)物分解率較低、相對穩(wěn)定并易于被植物吸收。堆肥后臭味可以極大降低。

堆肥過程有許多不同種類的微生物參與。由于原料和條件的變化，各種微生物的數(shù)量也在不斷發(fā)生變化，所以堆肥過程中沒有微生物始終占據(jù)主導(dǎo)地位。每一個環(huán)境都有其特定的微生物菌群，微生物的多樣性使得堆肥在外部條件出現(xiàn)變化的情況下仍可避免系統(tǒng)崩潰。

堆肥過程主要靠微生物的作用進(jìn)行，微生物是堆肥發(fā)酵的主體。參與堆肥的微生物有兩個來源:一是有機(jī)廢棄物里面原有的大量微生物;另一是人工加入的微生物接種劑(如綠隴生物有機(jī)肥發(fā)酵劑)。這些菌種在一定條件下對某些有機(jī)廢物具有較強(qiáng)的分解能力，具有活性強(qiáng)、繁殖快、分解有機(jī)物迅速等特點，能加速堆肥反應(yīng)的進(jìn)程，縮短堆肥反應(yīng)的時間。

堆肥一般分為好氧堆肥和厭氧堆肥兩種。好氧堆肥是在有氧情況下的有機(jī)物料分解過程，其代謝產(chǎn)物主要是二氧化碳、水和熱;厭氧堆肥是在無氧條件下有機(jī)物料的分解過程，厭氧分解的代謝產(chǎn)物是甲烷、二氧化碳和許多低分子量的中間產(chǎn)物，如有機(jī)酸等。

參與堆肥過程的主要微生物種類是xijun、xijun以及放線菌。這3種微生物都有中溫菌和高溫菌。

堆肥過程中微生物的種群隨溫度的變化發(fā)生如下的交替變化:低、中溫菌群為主轉(zhuǎn)變?yōu)橹懈邷鼐簽橹鳎懈邷鼐簽橹鬓D(zhuǎn)化為中低溫菌群。隨著堆肥時間的延長，xijun逐漸減少，放線菌逐漸增多，霉菌和酵母菌在堆肥的末期明顯減少。